果膠酶廣泛分布于高等植物和微生物中，本質上是聚半乳糖醛酸水解酶,果膠酶水解果膠主要生成β-半乳糖醛酸,可用次碘酸鈉法進行半乳醛酸的定量,從而測定果膠酶活力。

果膠酶的化學性質：

一般為灰白色粉末，或棕黃色液體。商業用果膠酶的有效成分主要有三種酶。一種是果膠甲酯酶(Pectin pectylhydrolase)(EC 3.1.1.11)，主要作用為催化甲酯果膠以脫去甲酯基，產生聚半乳糖醛酸苷鍵和甲醇。另一種是聚半乳糖醛酸酶(Polygalacturonase；EC 3.2.1.15)其作用是使果膠中以α-1，4-鍵結合的半乳糖醛基水解成為還原糖。第三種是果膠裂解酶(Pectin lyase；EC 4.2.2.10)，可使果膠斷裂而得寡糖。此外，起次要作用的尚有β-葡聚糖酶(β-Glucanase；EC 3.2.1.6)、β-糖苷酶(β-Glucosidase；EC 3.2.1.21)和木聚糖酶(Xylanase；EC 3.2.1.32)。作用溫度40～50℃，最適pH值為3.5～4.0。鐵、銅、鋅離子有明顯抑制作用。溶于水。

天然品在高等植物(如柑橘類、蘋果、番茄等)和微生物中廣泛存在。
果膠酶的用途：

主要用于果汁澄清、提高果汁過濾速度、提高果汁得率、降低果汁粘度、防止果泥和濃縮果汁的凝膠化、加強葡萄汁的顏色以及果蔬下腳料的綜合利用等方面。最高參考用量200mg/kg。

如葡萄汁用0.2%果膠酶在40～42℃下靜置3h，即可完全澄清。葡萄漿用0.05%果膠酶在30～35℃下處理，可提高得率15%，提高過濾速度l倍。

果膠酶可催化果膠中的甲酯水解，以及將多聚半乳糖醛酸分解成較小分子多聚物。可作為飲料的澄清劑，也用于橘子脫囊衣等。我國規定可用于糖水橘子罐頭(去囊衣)、果酒、果汁，按生產需要適量使用。

果膠酶還可用作植物細胞雜交和花藥培養；促進果膠水解為蔗糖和半乳糖醛酸。