微生物發酵即是指利用微生物，在適宜的條件下，將原料經過特定的代謝途徑轉化為人類所需要的產物的過程。微生物發酵生產水平主要取決于菌種本身的遺傳特性和培養條件。發酵工程的應用范圍有：⑴醫藥工業，⑵食品工業，⑶能源工業，⑷化學工業，⑸農業：改造植物基因；生物固氮；工程殺蟲菌生物農藥；微生物養料。⑹環境保護等方面。
1、簡介

微生物發酵：利用微生物，在適宜的條件下，將原料經過特定的代謝途徑轉化為人類所需要的產物的過程。

2、實例

酒類：包括果酒、啤酒、白酒及其他酒均是利用釀酒酵母，在厭氧條件下進行發酵，將葡萄糖轉化為酒精生產的。白酒經過蒸餾，因此酒的主要成分是水和酒精，以及一些加熱后易揮發物質，如各種酯類、其他醇類和少量低碳醛酮類化合物。果酒和啤酒是非蒸餾酒，發酵時酵母將果汁中或發酵液中的葡萄糖，轉化為酒精，而其他營養成分會部分被酵母利用，產生一些代謝產物，如氨基酸、維生素等，也會進入發酵的酒液中。因此，果酒和啤酒營養價值較高。

醋：食品店或超市出售的醋中，除了白醋是由化學合成的食品級醋酸勾兌的外，其他的則是由醋酸菌在好氧條件下發酵，將固體發酵產生的酒精轉化為醋酸生產的。由于使用的微生物菌種或曲種的差異，在葡萄糖發酵過程中會產生乳酸或其他有機酸，因而使醋有不同的風味。

醬油：醬油生產以大豆為主要原料，其他有麥麩、小麥、玉米等，將上述原料經粉碎制成固體培養基，在好氧條件下，利用產生蛋白酶的霉菌，如黑曲霉進行發酵。微生物在生長過程中會產生大量的蛋白酶，將培養基中的蛋白質水解成小分子的肽和氨基酸，然后淋洗、調制成醬油產品。醬油富含氨基酸和肽，具有特殊香味。

酸奶：牛奶在厭氧條件下，由乳酸菌發酵，將乳糖分解，并進一步發酵產生乳酸和其他有機酸，以及一些芳香物質和維生素等；同時蛋白質也部分水解。因此，酸奶是營養豐富、易消化，少含乳糖，是適合于有乳糖不適應癥者的優良食品。

醪糟：又稱酒釀，是大米經蒸煮后，接種根霉，在好氧條件下，發酵生產的含低濃度酒精和不同糖分的食品。根霉在生長時會產生大量的淀粉酶，將大米中的淀粉水解成葡萄糖，同時利用部分葡萄糖發酵產生酒精。由于使用的根霉菌種不同，可以生產不同酒精度、不同甜度和不同香味的醪糟。

面包：面包均是利用活性干酵母（面包酵母）經活化后，與面粉混合發酵，再加入各種添加劑，經烤制生產的。面粉發酵后淀粉結構發生改變，變得易于消化、營養易于吸收。

糖果、餅干、果凍等添加了紅曲色素，以調節色澤；

果汁、餅干、面包、點心、方便面等添加了黃原膠，起懸浮、穩定、增稠、改善口感、防止粘牙、延長儲存期等作用；

各類罐頭，包括蔬菜、水果、蘑菇、魚類、肉類、蛋類罐頭，香腸，包裝奶等添加了乳鏈桿菌肽，以保鮮、防腐，保存營養和改善口感等；

各種果汁、啤酒和飲料中均需使用檸檬酸或乳酸作為酸味劑調節口味、口感；

飯店、食堂和家庭制作的菜肴中常加味精或肌苷，以增加鮮味。

可以說市場上出售的各類食品均加有各種食品添加劑，其中約70%～80%的食品添加劑是用發酵法，或發酵產生的酶，加工生產的。