1.遞減PCR(touchdown PCR)：前幾循環(huán)溫度逐漸下降。

2.逆轉(zhuǎn)錄PCR(RT-PCR)：以由mRNA逆轉(zhuǎn)錄而來的DNA為模板，由此產(chǎn)生出來的DNA不帶有內(nèi)含子(基因中不具意義的段落)，常應(yīng)用于分子克隆技術(shù)。

3.熱啟動(dòng)PCR(hot start PCR)：以高熱活化型核酸聚合酶進(jìn)行反應(yīng)，減少非專一性產(chǎn)物。

4.即時(shí)PCR(real-time PCR)：PCR過程中利用螢光探針或染料定量檢測，又稱定量PCR(quantitative PCR)。

5.巢式PCR(nested PCR)：先用低特異性引物擴(kuò)增幾個(gè)循環(huán)以增加模板數(shù)量，再用高特異性引物擴(kuò)增。

6.多重PCR(multiplex PCR)：在同一個(gè)管中使用多組引物。

7.復(fù)原條件PCR(reconditioning PCR)：PCR產(chǎn)物稀釋10倍后重新放入原濃度的引物和dNTP等循環(huán)3次，以消除產(chǎn)物中的異二聚體。

8.dsRNA合成(dsRNA replicator)：合并使用high-fidelity DNA polymersae、T7RNA聚合酶與Phi6 RNA replicase；從雙股DNA轉(zhuǎn)錄為對(duì)應(yīng)的雙股RNA(dsRNA)。可應(yīng)用于RNAi實(shí)驗(yàn)操作。

9.COLD-PCR(co-amplification atlowerdenaturation temperature-PCR):用以檢測突變或特殊等位基因的PCR應(yīng)用技術(shù)。