菌株（在非細胞型的病毒中則稱毒株或株）是指從不同來源的標本中分離而得的相同菌種，它表示任何由一個獨立分離的單細胞（或單個病毒體）通過無性繁殖而成的純遺傳型群體及其一切后代。因此，一種微生物的每一不同來源的純培養(yǎng)物或純分離物均可稱為某菌種的一個菌株。如培養(yǎng)傷寒桿菌時可從血液中、骨髓中、糞便中、膽汁中進行分離培養(yǎng)，而以膽汁中者最為良好，稱為標準株。

主要特征
①菌株實為一個物種內遺傳多態(tài)性的客觀反映，其數(shù)目幾乎是無數(shù)的；
②菌株這一各詞所強調的是遺傳型純的譜系；
③菌株與克隆（即無性繁殖系）的概念相同；
④在同一菌種的不同菌株間，作為鑒定用的一些主要性狀雖個個相同，但不作為鑒定用的一些“小”性狀卻可有很大差異，尤其是一些生化性狀、代謝產(chǎn)物（抗生素、酶等）的產(chǎn)量性狀等；
⑤菌株實際上是某一微生物達到遺傳型純的標志，因此，一旦某菌發(fā)生自發(fā)或人工變異后，均應標以新的菌株名稱；
⑥當我們在進行菌種保藏、篩選或科學研究時，在進行學術交流或發(fā)表學術論文或著作時，在利用菌種進行生產(chǎn)時，以及在索取或寄送菌種時，都必須在菌種后標出該菌株的名稱；
⑦菌株的名稱可隨意確定，一般可用字母加編號表示（字母多數(shù)表示實驗室、產(chǎn)地或特征等的名稱，編號則表示序號等數(shù)字）。

菌株的保存使用
1、新引進的菌種經(jīng)形態(tài)、染色、培養(yǎng)性狀、生化特性等的鑒別確定后作記錄，并進行保存。
2、長期保存的儲存菌株以冷凍干燥保藏為主，特殊要求的菌種可用其它方法進行保存，保存期可長達幾年至幾十年。
3、半儲存菌株以含20%甘油的肉湯或液體石臘封存的半固體瓊脂為主，在0℃以下保存，保存期為3－6個月。
4、應用菌株以瓊脂斜面為主，在4℃保存，保存期為1－3個月。
5、菌種的傳代不可超過6次。視菌種的特性及使用情況，一般儲存菌株每5年傳記代一次，每1-2年從儲存菌株轉接至半儲存菌株，半儲存菌株每3-6個月傳代一次，每1-3個月從半儲存菌株轉接接至應用菌株。
6、每次檢驗用的菌株必須是從應用菌株轉接的新鮮菌株。每支應用菌株用兩次后必須銷毀（121℃，0.1MPa高壓滅菌處理15分鐘以上）。
7、各級保存的菌株應有明確的編號、名稱、傳代數(shù)、日期等到標識。
8、菌種的收發(fā)、保存、使用、傳代等應及時認真詳細地登記，以備查核。
9、在保存過程中，如發(fā)生污染退化等問題，應及時報告，以便處理。

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