細胞培養對無菌環境的要求較為嚴格。細胞培養間的殺菌主要涉及空氣的殺菌，其常見的四種方法如下。
 
1、甲醛熏蒸

甲醛是一種高效能化學滅菌劑。不易燃、不爆炸、不腐蝕金屬。它能與蛋白質中的氨基酸結合而使蛋白變性，使酶的活性消失。故有強大的殺菌作用。一般稱作為“大消”，用來對細胞間進行徹底的消毒殺菌。但是甲醛是一種對人體有害的物質，并且細胞培養實驗室一般空氣流通都很差，甲醛的排出也很慢，至少要一周以上。如果要緊急使用的話，在甲醛滅菌完后，可以用等量的氨水中和空氣中的甲醛。

2、空氣過濾（恒溫恒濕裝置）

這是一種最安全，殺毒效果也最好的方法，只是費用較為昂貴。

潔凈度級別 塵粒最大允許數/立方米 微生物最大允許數/立方米 浮游菌/立方米 沉降菌/皿100級 3500 0 5 1

3、紫外線燈殺菌

紫外線滅菌是用紫外線管照射進行的。波長在220-300nm的紫外線稱為“殺生命區”，其中以260nm的殺菌力最強。紫外線作用于細胞DNA，使DNA鏈上相鄰的嘧啶堿形成嘧啶二聚體（如胸腺嘧啶二聚體），抑制了DNA復制。另外，空氣在紫外線照射下可以產生臭氧，臭氧也有一定的殺菌作用。紫外線透過物質的能力很差，適用于空氣及物體表面的滅菌，與被照物的距離以不超過1.2m為易，照射時間以紫外線燈管的功率大小、被照空間及面積大小，根據滅菌效果測定結果而定。由于上述各種情況的不確定性，導致紫外線殺菌效果不是很理想，一般需要過夜殺菌。此外紫外線對人體有傷害作用，不要在紫外線燈照射下進行操作。

4、電子消毒滅菌器殺菌

即臭氧滅菌。在高壓電場作用下，電子管的內外電極發生強烈電子轟擊，使空氣電離而將空氣中的氧轉換成臭氧。臭氧在常溫、常壓下分子結構不穩定，很快自行分解成氧氣（O2）和單個氧原子（O）；后者具有很強的活性，能同細菌的胞膜及酶蛋白氫硫基進行氧化分解反應，從而靠氧原子的彌漫性擴散達到殺菌之目的，消毒時沒有死角。消毒后空間的殘留的多余氧原子只需30～40min則會自行重新結合成為普通氧原子（O2），不存在任何有毒殘留物，故稱無污染消毒劑，它不但對各種細菌（包括肝炎病毒，大腸桿菌，綠濃桿菌及雜菌等）有極強的殺滅能力，而且對殺死霉素也很有效。

此外，細胞培養間的地板也應定期使用新潔爾滅進行消毒滅菌，并打掃干凈；培養箱、桌面定期用75%的酒精進行擦拭消毒，防止污染。