生物安全實驗室的核心是安全，依據生物學危險程度劃為P1、P2、P3、P4四個等級。

P1實驗室適用于非常熟悉的病源，該病源不會經常引發健康成人疾病，對實驗人員和環境法寶危險小。在實驗中門應關閉，按普通微生物實驗進行操作；

P2實驗室適用于對人和環境有中度潛在危險的病源。限制進入實驗區域，可能發生氣溶膠的實驗應在II級生物安全柜中進行，同時應備有高壓滅菌器；

P3實驗室應用于臨床、診斷、教學、或者生產設施，在該級別中開展有關內源性和外源性病源的工作，若暴露而吸入該病源會引發嚴重的可能致死的疾病。實驗室設雙重門或氣閘室和外部隔離的實驗區域，非本處工作人員禁止入內，實驗室內全負壓，使用II級生物安全柜進行實驗，以高效過濾器把室內空氣過濾后排到室外；

P4實驗室比P3實驗室要求更嚴，有些危險的外源性病源，具備因氣溶膠傳播而致實驗室感染和導致生命危險疾病的高度個體風險，有關工作應在P4實驗室中進行。采用獨立的建筑物內隔離區和外部隔斷的構造，室內保持負壓，使用III級生物安全柜進行實驗，設置空氣隔斷裝置，淋浴室，操作工作人員應穿防護服，非本處工作人員禁止入內。生物安全實驗室設計上的核心是動態隔離，排風措施是重點，強調就地消毒，重視潔污分流，防止意外擴散，需要適度潔凈。

不要混淆：普通潔凈實驗室與生物安全實驗室

潔凈實驗室分為普通潔凈實驗室與生物安全實驗室。普通潔凈實驗室中進行的實驗不具有傳染性，但要求環境對實驗本身不造成不良影響，因此實驗室內不設防護設施，而潔凈度必須達到實驗要求。凡進行微生物學、生物醫學、功能實驗及基因重組等領域的科學實驗均需要生物安全實驗室。